小朋友高高興興玩著程式設計(Scratch) 20081218
身為化工系畢業的我，已好久沒有接觸化學的東西了！之前在做「奈米」推廣時，想畫出C60巴克球的結構模型，一直找不到合適的軟體來製作，前幾天在「嘰哩呱啦ACE」看到一篇文章是介紹「3D化學繪圖Ghemical」 ，因此也就依樣畫葫蘆，很快就畫好了前陣子很紅的「三聚氰胺 (C3H6N6) 」，以下內容取自「嘰哩呱啦ACE」
一、簡介
- 由芬蘭的 Kuopio大學化學系所開發
- 是採用GNU GPL 授權的自由軟體
- 官方網站 http://www.bioinformatics.org/ghemical
二、軟體說明 (資料來源: Wekeywiki)
- Ghemical是3D化學繪圖軟體，這個程式可以在輸入原子種類、數量及鍵結條件之後，畫出分子的的立體結構圖。適合中學老師講解化學分子的立體結構，學生也可以自行練習。Ghemical也適合用在大學有機化學的課程，特別是講解穩定的分子構形與測量原子間的距離；對於大學生化課程， Ghemical可以輸入胺基酸或核酸，馬上可以看出立體結構。在Ghemical畫完圖後還可以存檔，內建格式是gpr。
- 同學們在上化學課時，可以用Ghemical等程式來幫助自己理解分子的立體結構，化學老師們也可以用Ghemical來進行教學。只要學會了基本操作，就可以享受Ghemical的便利！
三、教學活動體驗－畫出三聚氰胺 (C3H6N6) 的分子結構
＜＜本人的操作環境是在EZGO6下的Ghemical 2.95＞＞
- 在作圖區中任一處按滑鼠右鍵，在跳出式選單中，選擇 Render => Label Mode (標籤模式) => Element (元素)，這樣等一下畫原子的時候會標示出元素名稱。
- 先在心裡面想著要在作圖區畫一個六角形，假設六個頂點為1、2、3、4、5、6。
- 點一下工具列最左邊的鉛筆 d (draw)， Ghemical預設是畫碳原子。
- 在作圖區中你想像的六角形頂點 1,3,5的位置點三下，這將會畫出三顆碳原子，稱之為 C1、C3、C5。
- 點一下工具列中的週期表 el，在週期表中選N(氮)。
- 在作圖區中你想像的六角形頂點 2、4、6的位置點三下，這將會畫出三氮原子，稱之為 N2、N4、N6。
- 從六角形中的三個碳原子向外分別再畫出三個氮原子。
- 點一下工具列中的原子鍵類型 bt (bond type)，再點一下Single(單鍵)，在C1上按滑鼠左鍵不放，拉到N2後放開，這將會畫出一個單鍵，請依序用單鍵連結 C3和N4、C5和N6、及從三個碳原子分別連向六角形外的三個氮原子。。
- 點一下工具列中的原子鍵類型 bt (bond type)，再點一下Double(雙鍵)，在C1上按滑鼠左鍵不放，拉到N6後放開，這將會畫出一個雙鍵，請依序用雙鍵連結 C3和N2、C5和N4。
- 在作圖區中任一處點滑鼠右鍵，在跳出式選單中，選擇 Build => Hydrogens => Add，Ghemical將會自動補上氫原子。
- 在作圖區中任一處點滑鼠右鍵，在跳出式選單中，選擇 Compute => Geometry Optimization (幾何位置最佳化)，Ghemical將會自動計算出原子之間的距離和角度。
- 點一下工具列中的運行軌道 o，然後對著三聚氰胺分子按滑鼠左鍵不放，稍微拖曳一段距離後，放開滑鼠左鍵，這樣就可以感受到化學分子的立體感！
- 真是一套蠻不錯的軟體！！
- 笨牛OpenOffice.org 與自由軟體在中學課程之應用 PDF檔第37-44頁
- 洪朝貴 Ghemical 幫您認識毒奶粉
五、後續
在洪老師的文章中，引來很多共響與回饋，更感謝笨牛前輩在這方面的付出與貢獻，雖然我是國小老師在「化學結構式」方面應該是無用武之地，但我會發出聲音，讓大家知道有很多人在這方面默默的耕耘，也希望教育當局能看到這些人的努力，提供更多資源，更有系統的導入這方人的成果到教育現場，也可免去學生覺得「化學式」的枯燥乏味，進而抹殺了學習興趣！其中笨牛說到：「 Avogadro 太棒了, 若 Ghemical 有 70 分, 那 Avogadro (亞佛加厥) 有 98 分. 我想我會暫時放棄 Ghemical」
- 首頁http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
- 下載: 跨平台, 微軟及蘋果使用者也可用http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Get_Avogadro
有空時，再來玩一下這套Avogadro～～拭目以待
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